משתמשים במערכות לבקרת השקיה כדי להבטיח את הרמה הרצויה של לחות בעבור צמחים עם או ללא נוכחות של מפעיל אנושי. לרוב מערכות בקרה אלה יש את היכולת לווסת את תדירות ההשקיה, את זמן ההתחלה, ואת משך הזמן.
מערכות בקרת ההשקיה התפתחו במהלך העשורים האחרונים. מערכות בקרת ההשקיה המודרניות מסוגלות לתזמן השקיה על פי מזג האוויר באמצעות מד טמפרטורה וחיישני מזג אוויר. חלק ממערכות בקרת ההשקיה יכולות להתחבר לאינטרנט, כך שניתן יהיה להעביר את הנתונים שנאספו על ידי המערכות למסד הנתונים של הבעלים.
קיימות שתי קטגוריות של מערכות: לגינון ביתי ולשימוש מקצועי בעסקים חקלאיים הדורשים גמישות רבה יותר מבחינת נפח המים, חישוב קצב הזרימה ומתן משוב. לדוגמה, הבקר המקצועי האופייני יחשב את קצב הזרימה בפועל בכל זמן נתון במערכת בעת הפעלת אזור מסוים, תוך השוואה לסכום הנדרש מראש. הוא גם מסוגל להתאים את תהליך ההשקיה אם תתגלה סטייה מהזרימה הרגילה באזור; מנגנון זה נקרא "ניטור זרימה", והוא יכול למנוע השקיה כאשר פיצוץ מתרחש בקו הראשי או במרכיבים הידראוליים של מערכת ההשקייה. הבקר יכול גם להזהיר את המפעיל באופן מקומי באמצעות הממשק שלו, או מרחוק על ידי שליחת SMS או הודעה לבקרה מרכזית.
ישנם שני סוגים בסיסיים של מערכות בקרה, חשמלית והידראולית. רוב שסתומי ההשקיה האוטומטיים הם שסתומי סולנואיד שבהם יש לשחרר את המים שמעל הסתום, כדי שהמפתח ייפתח. במערכת הידראולית, הבקר והשסתומים מחוברים באמצעות צינורות פלסטיק קטנים בגודל קוטר ממוצע של 4 מ"מ. הבקר פותח את הצינור המחובר לשסתום, ומאפשר את פתיחת השסתום.
מערכות לבקרת השקייה החדשות, בדרך כלל, משתמשות בבקרים אלקטרו-מכאניים או אלקטרוניים. בתרחיש זה, הבקר מחובר למעגל חשמלי המופעל על-ידי סולנואיד המחובר לכל שסתום (שסתום סולנואיד). כאשר הסולנואיד מופעל, המים מעל הסתום משתחררים ואז השסתום נפתח.