בנוסף לעשבי מים הצומחים על דפנות הצינורות, שומן הוא הגורם הנפוץ ביותר לסתימת צינורות וכמו כן לסתימת כניסת מים למשאבות והשבתתן. שומנים נדבקים לעיתים קרובות גם לרשתות סינון, עוד תופעה היוצרת בעיות בזרימתם התקינה של המים.
טיהור שפכים מתחלק לשלושה חלקים עיקריים. בחלק הראשון, שהוא השלב בו מתרחש הסינון הראשוני, ניתן להפריד אחוז מסוים של השומנים מן השפכים. אף-על-פי-כן אחוז גבוה מהשומנים מגיע לעיתים קרובות לשלב השני של הטיהור, השלב הביולוגי, בו אין אפשרות להפריד את השומנים מהשפכים אלא אם השמנים והשומנים שיוצרים ביחד קולואיד של נוזל בנוזל מתפרקים או צפים אל פני המים בצורת כדורים שומניים.
תופעה דומה קורת באגני האוורור; כדורי השומן צפים ומשבשים את עבודתם התקינה של המאווררים. ריכוזים גבוהים של שמנים ושומנים בשפכים פוגעים בתהליך הביולוגי של הבוצה המשופעלת על ידי ציפוי המיקרואורגניזמים בצורה הגורמת להפרעה במעבר החמצן מן הפאזה הנוזלית לתוך הפתית הביולוגי. תופעה זו מתוארת לעתים כתופעת "חניקה".
בסופו של דבר, שבעים וחמישה אחוזים מריכוז השמנים והשומנים מופרדים בטיפול הביולוגי מהשפכים. אך עם זאת, כפי שניתן להבין מתחילת הכתבה ריכוז השמנים והשומנים הגבוהה תורם לזיהום הביוכימי של מי-הקולחין ועל כן משרד הבריאות והמשרד להגנת הסביבה הוציאו תקנון המחייב את העסקים שחלק מתוצרי הלוואי של הייצור שלהם הוא שומן/שמנים, להתקין מתקן הפרדה לשמן מינרלי ושמן אורגני.
בשנים האחרונות החלה אכיפה משמעותית של כללי תאגידי מים וביוב- שפכי מפעלים המוזרמים למערכת הביוב,התשע"א-2011:
כללי איכות שפכים(תקנה2)
• הסדרת הזרמתם של שפכי המפעלים באופן שלא תגרום נזק למערכת הביוב,
• הסדרת תהליכי הטיפול בשפכים וניצול מי הקולחין
• מניעת מטרדים ונזקים לציבור או לסביבה;
• החברה תבטיח את איסופם, סילוקם וטיהורם של כל השפכים המוזרמים אל מערכת הביוב ובלבד שקליטתם לא תגרום לפגיעה במערכת הביוב של החברה או של כל גורם אחר;
• מפעל לא יזרים מן המפעל למערכת הביוב שפכים העלולים לגרום לנזקים כאמור אלא לפי כללים אלה.
• מפעל לא יזרים במישרין או בעקיפין שפכים ("שפכים" – מים לאחר שימוש, הטעונים טיהור או סילוק לפי דין) למערכת הביוב של חברה ולא ירשה לאחר להזרימם משטחו או דרך מיתקניו למערכת הביוב